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『旧作との違い』ページを参照。
難易度は「初心者・中級者」向けのノーマルと、「上級者」向けのハードの2つ。ハードはノーマルと比べて
といった変化がある。 モードは自軍ユニットが倒されるとその後使用不可能になるクラシックと、次のマップで復活し使用できるカジュアルの2つ。 『if』と違ってゲーム途中での難易度やモードの変更は不可。またどの難易度・モードでもフリーセーブ（マップ中セーブ）は出来ない。 難易度マニアック・ルナティック、フェニックスモードは無い。
クリア後に解放される新ダンジョンや、勲章集め（実績のような要素）がある。
『Echoes』の新要素である「ミラの歯車」は、戦闘中に使用すると行動を巻き戻して好きな場所からやり直すことができる。 ターン単位だけでなく、ユニットの行動1手ごとにUndoできる。ただしアルム・セリカが倒されるとミラの歯車を使う間もなく即ゲームオーバーとなる。 1回使うごとに使用回数が減っていくが、ワールドマップに戻る（戦闘をクリア・退却する、ダンジョンから撤退する）か、ミラ神像に「葡萄酒」「エール」「飲みかけのエール」「ラムの葡萄酒」のいずれかをお供えすると最大まで回復する。 使用回数は最初は3回だが、アイテム「小さな歯車」を入手するごとに1回ずつ増えていき、最大で12回になる。この最大使用回数はアルム軍とセリカ軍で共有される。 ミラの歯車を使用することによるデメリットや使用回数の記録等はない。
戦闘中、3ターン目以降にメニューから「退却」を選ぶと、その戦闘から離脱しワールドマップやダンジョンに戻ることができる。 退却したマップにもう一度入ると、ユニットのHPは全回復しているが、すでに倒している敵は復活しない。 なので難しいマップでも、「少しずつ敵を倒して行き、危なくなったら退却」を繰り返せば地道に攻略できる。 「退却」することによるデメリットや回数制限は特に無いが、3章以降はワールドマップに敵増援が出現するのでその処理をする必要は出てくる。
クラシックモードで味方が撃破（ロスト）されても、ダンジョン内の「聖なる井戸」にある「復活の水」を飲ませることで復活することが可能。 復活の水があるのは、竜のほこら（3章セリカ軍）・恐山のほこら（4章アルム軍）・秘密のほこら（4章アルム軍）の3ヶ所。 復活の水は1ヶ所につき3回まで使えるので、合計9人まで復活させることができる。 ちなみにFC版で可能だった「どちらかの軍でユニットをロストさせ、もう片方の軍で復活させてユニットを移籍させる」という裏技はできなくなっている。
1章で仲間になる村人（グレイ・ロビン・クリフ・エフィ）はLv.3以上で様々な兵種にクラスチェンジできる。 どんな組み合わせにしてもクリア不可能になることはないが、アルム軍の今後に影響する選択なので出来ればバランスの良い編成にしたい。
また3章ではセリカ軍にアトラスが加入する。 こちらはその時点での成長やロストの具合によって、自軍に足りない要素を補うようにCCさせると良い。
本作は上級クラスチェンジ（CC）の仕様が他のシリーズとやや異なるため、シナリオを攻略するだけならCCが可能になった時点で即CCしても基本的には問題ない。ただしLv.10ぐらいまでは経験値が得やすいので、余裕があるならそれまでは育てるのもアリ。 クリア後の裏ボスまでも即CCユニットのみで撃破は十分可能だが、育成のやりこみまで重視するなら、下級Lv.20まで育てた方が最終的な能力は高くなることが多い。 詳しくは「クラス/クラスチェンジ」を参照。
