本作では和風の世界観の導入に伴い、洋風（既存）の武器種別の他に、和風の武器種別が追加された。
白夜王国では和風の武器（以下、白夜武器）を、暗夜王国では洋風の武器（以下、暗夜武器）をメインに使うことになる。
ただし、白夜武器と暗夜武器は互換性があり、武器レベルを共有している。
例えば、剣を使えるユニットは刀を使うことも可能である。
なお、白夜武器には装備時にステータスに変化がつくものが多い。
また、暗器／手裏剣という、本作新規の武器も登場している。
次の表に白夜武器と暗夜武器の対応およびこれらの特徴をまとめておく。
| 暗夜武器 | 白夜武器 | 特徴 | 鉄武器の性能 | |||
| 種類 | 威力 | 命中 | 必殺 | |||
| 剣 | 刀 | 基本射程1。剣～斧の3種の中では、威力が低く命中が高い傾向にある。 刀装備時は速さ+1、守備・魔防-1の補正がつく。 | 剣 | 6 | 90 | 0 |
| 刀 | 6 | 90 | 0 | |||
| 槍 | 基本射程1。武器としての性能は剣と斧の中間程度。 薙刀装備時は守備・魔防+1の補正がつく。 | 槍 | 7 | 80 | 0 | |
| 薙刀 | 6 | 80 | 0 | |||
| 斧 | 金棒 | 基本射程1。剣～斧の3種の中では、命中が低く威力が高い傾向にある。 必殺が出ないものを除き、ほぼ全ての金棒には必殺率補正がある。 | 斧 | 8 | 70 | 0 |
| 金棒 | 6 | 75 | 5 | |||
| 弓 | 和弓 | 基本射程2。離れた敵を狙うことができるが近接戦闘はできない。 狩人の弓を除く全ての弓・和弓は飛行系ユニットに特効がある。 また、和弓装備時は魔防+2の補正がつく。 | 弓 | 8 | 80 | 0 |
| 和弓 | 9 | 70 | 0 | |||
| 暗器 | 手裏剣 | 基本射程1-2。隣接した敵も離れた敵も攻撃できる。 威力は低いが命中した敵に一時的な能力ダウンをもたらす。 手裏剣装備時は速さ+2の補正がつく。 | 暗器 | 4 | 90 | 0 |
| 手裏剣 | 4 | 85 | 0 | |||
| 魔道書 | 射程1-2。攻撃魔法を記した書物や巻物。単に魔法とも呼ばれる。 魔法攻撃のため、力・守備の代わりに魔力・魔防でダメージ計算を行う。 呪いは何らかの能力補正を持つものが多い(どの能力が上がるかは武器によって異なる)。 | 魔道書 | 5 | 80 | 0 | |
| 呪 | 5 | 75 | 0 | |||
| 獣石 | 射程1。ガルーや妖狐が変身して戦うためのアイテム。 | |||||
| 竜石 | 射程1。主人公および主人公の子が竜に変身して戦うためのアイテム。 過去作では物理攻撃扱いのことが多かったが、本作の竜石は魔法攻撃扱いのため注意。 | |||||
| 杖 | 回復や妨害などの補助魔法を秘めた杖や祭具。 厳密には武器ではなく戦闘には使えないが、代わりに自軍フェイズで使用することで 味方のHP回復や敵への各種状態異常付与、双方のワープ移動などを行える。 回復系に関しては、杖は回復量重視、祓串は射程重視。 (例：最下級のライブは射程1で基礎回復量10、同格の春祭は射程1-2で基礎回復量7) | |||||
武器には相性があり、自分と敵の装備武器の関係から、与ダメージや命中率などが大きく変動する。
有利に戦うためには武器の組み合わせも考慮する必要がある。
従来では剣→斧→槍→剣の3すくみがあったが、
今回はこの3すくみに魔道書や弓なども含まれているので注意が必要である。
3すくみの関係は次の表の通りである。
| 武器種 | 有利 | 不利 |
| 剣／刀 魔道書／呪 | 斧／金棒 弓／和弓 | 槍／薙刀 暗器／手裏剣 |
| 槍／薙刀 暗器／手裏剣 | 剣／刀 魔道書／呪い | 斧／金棒 弓／和弓 |
| 斧／金棒 弓／和弓 | 槍／薙刀 暗器／手裏剣 | 剣／刀 魔道書／呪 |
なお、獣石と竜石等一部の武器種は3すくみの影響を受けない。
また、「逆○○」という3すくみの有利不利を逆転させる武器も存在する。
これらの関係を覚えられない人は武器のアイコンの色を見るとよい。
アイコン上部の色がその武器の種別、下部の色が有利な武器種別を表す。
竜石など3すくみの関係がない武器は無色となっている。
戦闘予測でなら互いの武器が表示されている時に武器のアイコンの右下に優劣（黄緑色の上矢印だと有利、逆に赤色の下矢印だと不利、無関係だと何もつかない）が出ているのでこれで判断してもよい。
ただあまりにも実力差があると不利でも必中かつ確実に倒せるダメージ予測が発生して気にしなくてもいい場合も出てくるが。
3すくみによる与ダメージや命中率の変動は、「武器レベル補正」と「3すくみ補正」の2つの要素によって生じる。
具体的な補正値は下記の表のとおりだが、要約すると以下の3点である。
今作では、難易度がノーマル→ハード→ルナティックと上昇するにつれて敵の武器レベルが高くなるよう設定されており、3すくみの影響も大きくなる。
特に難易度ルナティックでは、敵の補正を無効化するだけでも被ダメージをかなり減らせるので、積極的に活用しよう。
| レベル | E～D | C | B | A | S |
|---|---|---|---|---|---|
| 刀・剣・手裏剣・暗器 | 攻撃+1 | 攻撃+2 | 攻撃+3 | 攻撃+4 命中+5 | |
| 薙刀・槍・和弓・弓・呪・魔道書・石 NPC専用武器 | 攻撃+1 | 攻撃+1 命中+5 | 攻撃+2 命中+5 | 攻撃+3 命中+10 | |
| 金棒・斧 | 命中+5 | 命中+10 | 攻撃+1 命中+10 | 攻撃+2 命中+15 |
| 有利側の武器レベル | E～D | C | B | A | S |
|---|---|---|---|---|---|
| 有利側 | 命中+5 | 命中+10 | 命中+10 攻撃+1 | 命中+15 攻撃+1 | 命中+20 攻撃+2 |
| 不利側 | 命中-5 武器レベル補正無効 | 命中-10 武器レベル補正無効 | 命中-10 攻撃-1 武器レベル補正無効 | 命中-15 攻撃-1 武器レベル補正無効 | 命中-20 攻撃-2 武器レベル補正無効 |
「逆」系武器同士で戦闘すると、互いの3すくみ逆転効果も補正倍化効果も無効化され、3すくみが通常通りの関係かつ補正1倍になる。
(例：逆刀と逆薙刀で戦闘すると、逆薙刀側が有利、かつ3すくみ補正が1倍になる)
GBA3作で登場した「～バスター」系の武器と同じ仕様になっている。
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