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本作では和風の世界観の導入に伴って和風の武器種別が追加された。
白夜王国では和風武器を、暗夜王国では洋風武器（既存の武器種別）をメインに使うことになる。
ただし、和風武器と洋風武器は互換性があり、武器レベルを共有している。
例えば、剣を使えるユニットは刀を使うことも可能である。
なお、和風武器には装備時にステータスに変化がつくものが多い。
また、暗器／手裏剣という、本作新規の武器も登場している。
次の表に洋風武器と和風武器の対応およびこれらの特徴をまとめておく。
| 洋風武器 | 和風武器 | 特徴 | 鉄武器の性能 | |||
| 種類 | 威力 | 命中 | 必殺 | |||
| 剣 | 刀 | 基本射程1。威力が低く命中が高い傾向にある。 刀装備時は速さ+1、守備・魔防-1の補正がつく。 | 剣 | 6 | 90 | 0 |
| 刀 | 6 | 90 | 0 | |||
| 槍 | 薙刀（なぎなた） | 基本射程1。武器としての性能は剣と斧の中間程度。 薙刀装備時は守備・魔防+1の補正がつく。 | 槍 | 7 | 80 | 0 |
| 薙刀 | 6 | 80 | 0 | |||
| 斧 | 金棒 | 基本射程1。命中が低く威力が高い傾向にある。 必殺が出ないものを除き、ほぼ全ての金棒には必殺率補正がある。 | 斧 | 8 | 70 | 0 |
| 金棒 | 6 | 75 | 5 | |||
| 弓 | 和弓 | 基本射程2。離れた敵を狙うことができるが近接戦闘はできない。 狩人の弓を除く全ての弓・和弓は飛行系ユニットに特効がある。 また、和弓装備時は魔防+2の補正がつく。 | 弓 | 8 | 80 | 0 |
| 和弓 | 9 | 70 | 0 | |||
| 暗器 | 手裏剣 | 基本射程1-2。隣接した敵も離れた敵も攻撃できる。 威力は低いが命中した敵に一時的な能力ダウンをもたらす。 手裏剣装備時は速さ+2の補正がつく。 | 暗器 | 4 | 90 | 0 |
| 手裏剣 | 4 | 85 | 0 | |||
| 魔道書 | 呪い（まじない） | 射程1-2。魔法攻撃（力・守備の代わりに魔力・魔防でダメージ計算を行う）。 呪いは何らかの能力補正を持つものが多い(どの能力が上がるかは武器によって異なる)。 | 魔道書 | 5 | 80 | 0 |
| 呪 | 5 | 75 | 0 | |||
| 獣石 | 射程1。ガルーや妖狐が変身して戦うためのアイテム。 | |||||
| 竜石 | 射程1。主人公および主人公の子が竜に変身して戦うためのアイテム。本作の竜石は魔法攻撃扱い。 | |||||
| 杖 | 祓串（はらえぐし） | 武器ではなく戦闘には使えないが、味方のHP回復・引き寄せといった補助や、 敵への杖・魔法封じ、足止め、デバフ等の妨害ができる。 基本的に杖は射程1だが回復量が多く、祓串は回復量に劣るが射程が1-2。 | ||||
武器には相性があり、自分と敵の装備武器の関係から、与ダメージや命中率などが大きく変動する。
有利に戦うためには武器の組み合わせも考慮する必要がある。
従来では剣→斧→槍→剣の3すくみがあったが、
今回はこの3すくみに魔法や弓なども含まれているので注意が必要である。
3すくみの関係は次の表の通りである。
| 武器種 | 有利 | 不利 |
| 剣／刀 魔道書／呪い | 斧／金棒 弓／和弓 | 槍／薙刀 暗器／手裏剣 |
| 槍／薙刀 暗器／手裏剣 | 剣／刀 魔道書／呪い | 斧／金棒 弓／和弓 |
| 斧／金棒 弓／和弓 | 槍／薙刀 暗器／手裏剣 | 剣／刀 魔道書／呪い |
なお、獣石と竜石等一部の武器種は3すくみの影響を受けない。
また、「逆○○」という3すくみの有利不利を逆転させる武器も存在する。
これらの関係を覚えられない人は武器のアイコンの色を見るとよい。
アイコン上部の色がその武器の種別、下部の色が有利な武器種別を表す。
竜石など3すくみの関係がない武器は無色となっている。
戦闘予測でなら互いの武器が表示されている時に武器のアイコンの右下に優劣（黄緑色の上矢印だと有利、逆に赤色の下矢印だと不利、無関係だと何もつかない）が出ているのでこれで判断してもよい。ただあまりにも実力差があると不利でも必中かつ確実に倒せるダメージ予測が発生して気にしなくてもいい場合も出てくるが。
3すくみによる与ダメージや命中率の変動は、「武器レベル補正」と「3すくみ補正」の2つの要素によって生じる。
具体的な補正値は下記の表のとおりだが、要約すると以下の3点である。
今作では、難易度がノーマル→ハード→ルナティックと上昇するにつれて敵の武器レベルが高くなるよう設定されており、3すくみの影響も大きくなる。
特に難易度ルナティックでは、敵の補正を無効化するだけでも被ダメージをかなり減らせるので、積極的に活用しよう。
| レベル | E～D | C | B | A | S |
|---|---|---|---|---|---|
| 刀・剣・手裏剣・暗器 | 攻撃+1 | 攻撃+2 | 攻撃+3 | 攻撃+4 命中+5 | |
| 薙刀・槍・和弓・弓・呪・魔道書・石 NPC専用武器 | 攻撃+1 | 攻撃+1 命中+5 | 攻撃+2 命中+5 | 攻撃+3 命中+10 | |
| 金棒・斧 | 命中+5 | 命中+10 | 攻撃+1 命中+10 | 攻撃+2 命中+15 |
| 有利側の武器レベル | E～D | C | B | A | S |
|---|---|---|---|---|---|
| 有利側 | 命中+5 | 命中+10 | 命中+10 攻撃+1 | 命中+15 攻撃+1 | 命中+20 攻撃+2 |
| 不利側 | 命中-5 武器レベル補正無効 | 命中-10 武器レベル補正無効 | 命中-10 攻撃-1 武器レベル補正無効 | 命中-15 攻撃-1 武器レベル補正無効 | 命中-20 攻撃-2 武器レベル補正無効 |
「逆」系武器同士で戦闘すると、三すくみが通常のものになる。三すくみ補正2倍の効果はそのまま。
三すくみ補正は1倍になる。
(例：逆刀と逆薙刀で戦闘すると、逆薙刀側が有利になる)
GBA3作で登場した「～バスター」系の武器と同じ仕様になっている。
